In Dark Messiah spielt man Sareth, den jungen Lehrling des mächtigen Zauberers Phenrig. Der Spieler wurde von Phenrig nur aus einem einzigen Grund herangezogen, nämlich um ihn in die Künste von Magie und Kampf einzuweihen.
Zu Beginn des Spiels wird man in die freie Stadt Stonehelm geschickt, Heimat des Magiers Menelag, einem Freund von Phenrig. Das Ziel des Spielers ist es, Menelag dabei zu helfen, den Schädel der Schatten zurück zu holen, dem alten und mächtigen Artefakt und einzigem Überbleibsel von Sar-Elam, dem ersten und größten Magier von Ashan.
Sar-Elam benutzte den Schädel in der Vergangenheit, um das Gefängnis zu errichten, welches die Horden von Dämonen verschloss. Nur der Schädel kann das Gefängnis dauerhaft verschlossen halten - oder es zerstören und damit eine Armee von Dämonen auf die Welt loslassen.
Mit Hilfe des Magiers Menelag, Herrscher von Stonehelm, und seiner Nichte, der jungen Magierin Leanna, übernimmt man die Aufgabe, den Schädel der Schatten zu finden und zurück zu bringen.
Während der Spieler weitere Details über die Entdeckung des Schädels erfährt, seinen Standort jedoch nicht kennt, marschiert eine Armee von Untoten in Stonehelm ein. Ihre genauen Ziele sind unbekannt...
Mit dieser Serie von Ereignissen tut sich der Schatten des Dark Messiah bedrohlich auf und die Welt von Ashan steht still und hält den Atem an...
